JAMES T. KIRK: DE NUEVO CAPITÁN

James Kirk regresa a la Flota Estelar en 2284. En este punto de su vida, comienza a sentir su edad y no cree que sea lo suficientemente joven para regresar al puente de una nave estelar. En lugar de eso, acepta un puesto como instructor en la Academia de la Flota Estelar y se muda a un apartamento en San Francisco para poder estar cerca de su trabajo.

En 2285, Kirk lleva al U.S.S. Enterprise NCC-1701 en misión de entrenamiento. Al mismo tiempo, Khan Noonien Singh toma el control del U.S.S. Reliant y decidido a vengarse de Kirk, quien lo dejó en Ceti Alpha V en 2267.

El Reliant había sido asignado al Proyecto Génesis, dirigido por la Dra. Carol Marcus y el hijo que tuvo con Kirk, el Dr. David Marcus. Khan envía un mensaje a Regula I, donde se basa el proyecto, diciéndoles que el almirante Kirk ha ordenado a los Marcus entregar el Dispositivo Génesis al Reliant. Carol le envía a Kirk un mensaje pidiéndole explicaciones, pero como Khan está interfiriendo las comunicaciones, no puede escuchar la respuesta.

Kirk está preocupado por el proyecto Génesis, que está diseñado para reordenar la materia en la superficie de un planeta, y toma el mando del Enterprise. Khan ataca. antes de queel Enterprise llegue a Regula I e inflija graves daños al Enterprise.

Victoria a un alto precio

Kirk finalmente logra derrotar a Khan, y el Dispositivo Génesis es detonado, creando un nuevo planeta. La misión tiene un gran coste personal para Kirk: Spock muere por la exposición a la radiación cuando repara los motores de curvatura del Enterprise. El Vulcano recibe un funeral en el espacio, y su cuerpo descansa en el Planeta Génesis.

El Enterprise regresa al Muelle Espacial, donde el almirante Morrow le dice a Kirk que se ha tomado la decisión de retirar la nave gravemente dañada. El mismo día, el padre de Spock, Sarek, visita a Kirk y le pide que recupere el cuerpo de Spock y devolverlo a Vulcano. Sarek explica que antes de morir, el vulcano se fusiona mentalmente con uno de sus compañeros más confiables y les dan su katra, o alma, que se devuelve a Vulcano con su cuerpo. Spock no pudo fusionarse mentalmente con Kirk, pero logró colocar su katra en la mente del Dr. McCoy. Kirk le pide a Morrow permiso para regresar al Planeta Génesis, pero el almirante se niega. El Comando de la Flota Estelar ha puesto el planeta fuera del alcance de todos excepto del personal esencial. Efectivamente, esto significa que las únicas personas a las que se les permite visitar el planeta son la tripulación del U.S.S. Grissom, que incluye a David Marcus.

Esto lleva a Kirk a tomar una decisión trascendental. Desobedece sus órdenes y, con la ayuda del personal superior del Enterprise, roba su viejo barco y se dirige a Génesis.

Cuando llega el Enterprise, la tripulación descubre que el Grissom ha sido destruido por un grupo de klingon y que sólo el teniente Saavik y David Marcus están vivos en la superficie del planeta.

El Enterprise dañado no es rival para la nave klingon, y Kirk se siente impotente cuando David es asesinado por uno de los klingon. Se las arregla para engañar a la mayoría de ellos para que aborden el Enterprise, el cual destruye matando a la partida de abordaje klingon. Kirk y su tripulación logran recuperar el cuerpo de Spock, que ha sido rejuvenecido por el efecto Génesis. Luego escapan por poco de la destrucción del Planeta Génesis y toman el control de la nave Klingon. Lo usan para llevar a Spock a Vulcano, donde se reúnen su katra y su cuerpo.

De almirante a capitán

Luego, Kirk regresa a la sede de la Flota Estelar para enfrentar un juicio, pero antes de llegar allí, la Tierra es "atacada" por una misteriosa sonda. Kirk salva el planeta viajando en el tiempo y recuperando dos ballenas jorobadas del siglo XX. Cuando regresa, la Flota Estelar decide reducirlo de rango por desobedecer órdenes y lo coloca al mando del U.S.S. Enterprise NCC-1701-A.

Este nuevo Enterprise entra en servicio en 2287, y la tripulación es enviada para hacer frente a un disturbio en Nimbus III. Cuando llegan, un vulcano renegado, Sybok, toma el control de la nave y la lleva a la Gran Barrera en el centro de la Galaxia. El Enterprise es la primera nave de la Federación que atraviesa la barrera y, al otro lado, la tripulación se encuentra con una entidad malévola que dice ser Dios. Sybok muere, pero Kirk logra derrotar a la entidad y regresar al espacio normal.

En 2293, se asigna al Enterprise la tarea de escoltar al canciller klingon, Gorkon, a vitales conversaciones de paz con la Federación. Cuando Gorkon es asesinado, Kirk y el Dr. McCoy viajan a su nave para ofrecer asistencia. Son arrestados por el asesinato de Gorkon y sentenciados a cadena perpetua en Rura Penthe, pero escapan y Kirk contribuye decisivamente a exponer un complot para interrumpir las negociaciones de paz con el Imperio Klingon. Después de la conferencia de Khitomer, Kirk se retira una vez más de la Flota Estelar.

Más tarde, ese mismo año, Kirk Asiste al lanzamiento del U.S.S. Empresa NCC-1701-B. Cuando el barco responde a una llamada de socorro de dos transportes El-Aurian, realiza modificaciones esenciales en el deflector del barco, pero se pierde y se presume muerto. En realidad, es transportado a un lugar conocido como Nexus, donde vive una existencia idílica fuera de los límites del espacio-tiempo normal.

Kirk abandona el Nexus cuando el Capitán Jean-Luc Picard del U.S.S. Enterprise NCC-1701-D llega desde 2371 y lo convence para que ayude a luchar contra el Dr. Tolian Soran, quien en una línea de tiempo ha destruido millones de vidas para poder volver a ingresar al Nexus. Kirk viaja a Veridian III, donde muere como un héroe, frustrando el plan de Soran y alterando la línea de tiempo para salvar millones de vidas.